Los 78 municipios de Puerto Rico son instrumentalidades cubiertas por PROMESA. Entre mayo de 2019 y junio de 2021, 10 municipios que reflejan diversidad en la representación política, en el tamaño y en la fortaleza financiera fueron parte de un proyecto piloto destinado a desarrollar planes fiscales y presupuestos, que fueron revisados y certificados por la Junta de Supervisión. El proyecto proporcionó importantes conocimientos sobre el alcance de los problemas financieros a los que se enfrentan los municipios y sobre los profundos retos sistémicos que deben superarse para permitir la sostenibilidad fiscal. Desde que concluyó el proyecto, los municipios ya no presentan planes fiscales y presupuestos a la Junta de Supervisión para su certificación.